Google Scholar Son Veri Güncelleme Tarihi : 25.10.2024 09:42:10
WOS Son Veri Güncelleme Tarihi : 2.11.2024 15:52:03
Kişisel Bilgiler
PROF. AHMET YILDIRIM
- E-posta: ahmedoyildirim@siirt.edu.tr
- Adres: -
- İş Tel (Dahili): +90 (484) 212 11 11 / -
- Bağlı Birimi : MOLEKÜLER BİYOLOJİ
- Web Adresi: https://siuapsis.siirt.edu.tr/ahmedoyildirim
Eğitim Bilgileri
Mezuniyet
Doktora
2007 - 2011
HARRAN ÜNİVERSİTESİ
FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ/FİZİK (DR)/
Tez Adı: Tek ve çift eksenli sıvı kristallerde ısı iletim katsayısı, enerji ve yoğunluğun moleküler dinamik simülasyon ile hesaplanması
Yüksek Lisans
2005 - 2007
HARRAN ÜNİVERSİTESİ
FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ/FİZİK (YL) (TEZLİ)/
Tez Adı: Nematik sıvı kristallerde sıcaklık gradyanı ve ısıl yayınım katsayılarının nümerik yöntemle belirlenmesi
Lisans
1999 - 2003
BÜLENT ECEVİT ÜNİVERSİTESİ
FEN-EDEBİYAT FAKÜLTESİ/FİZİK BÖLÜMÜ/FİZİK PR./
Tez Adı: ---
Akademik Idari Deneyim
AKADEMİK ÜNVANLAR
- PROFESÖR
- 2023 -
- SİİRT ÜNİVERSİTESİ
- FEN-EDEBİYAT FAKÜLTESİ / BİYOLOJİ BÖLÜMÜ
- DOÇENT
- 2021 - 2023
- SİİRT ÜNİVERSİTESİ
- FEN-EDEBİYAT FAKÜLTESİ / BİYOLOJİ BÖLÜMÜ
- ARAŞTIRMA GÖREVLİSİ
- 2009 - 2011
- SİİRT ÜNİVERSİTESİ
- FEN-EDEBİYAT FAKÜLTESİ / FİZİK BÖLÜMÜ
- DOKTOR ÖĞRETİM ÜYESİ
- 2011 - 2021
- SİİRT ÜNİVERSİTESİ
- FEN-EDEBİYAT FAKÜLTESİ / FİZİK BÖLÜMÜ
- DOKTOR ÖĞRETİM ÜYESİ
- 2021 - 2021
- SİİRT ÜNİVERSİTESİ
- FEN-EDEBİYAT FAKÜLTESİ / BİYOLOJİ BÖLÜMÜ
YÖNETİMSEL GÖREVLER
- Anabilim Dalı Başkanı
- 2011 - 2021
- SİİRT ÜNİVERSİTESİ
- Anabilim Dalı Başkanı
- 2021 -
- SİİRT ÜNİVERSİTESİ
Tezler
YÖNETİLEN TEZLER
- SARS-CoV-2 ana proteaz-nirmatrelvir ve molnupiravir kompleks yapılarının moleküler dinamik simülasyonları
- Siirt Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Fizik Ana Bilim Dalı
- İZZET GÖGER(Öğrenci),Yüksek Lisans,2023
- Investigation of the effect of curcumin on helicobacter pylori 5'-methylthioadenosine/s-adenosylhomocysteine nucleosidase with molecular dynamics method
- Siirt Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Fizik Ana Bilim Dalı
- MAHDI IBRAHIM SAEED SAEED(Öğrenci),Yüksek Lisans,2018
Dersler
VERİLEN DERSLER
Moleküler Modelleme ve Simülasyon Teknikleri,2022-2023,Yüksek Lisans (Türkçe)
Fizik I,2022-2023,Lisans (Türkçe)
Bilimsel Araştırma Teknikleri ve Yayın Etiği,2022-2023,Yüksek Lisans (Türkçe)
Fizik II,2022-2023,Lisans (Türkçe)
İleri Kuantum Mekaniği I,2022-2023,Yüksek Lisans (Türkçe)
Hesaplamalı Biyofizik,2022-2023,Yüksek Lisans (Türkçe)
Biyoistatistiğin Temelleri,2022-2023,Yüksek Lisans (Türkçe)
Moleküler Biyoloji,2022-2023,Yüksek Lisans (Türkçe)
Biyoistatistik,2022-2023,Lisans (Türkçe)
Hesaplamalı Biyofizik,2021-2022,Yüksek Lisans (Türkçe)
Bilimsel Araştırma Teknikleri ve Yayın Etiği,2021-2022,Yüksek Lisans (Türkçe)
Moleküler Biyoloji,2021-2022,Yüksek Lisans (Türkçe)
Fizik I,2021-2022,Lisans (Türkçe)
İleri Kuantum Mekaniği I,2021-2022,Yüksek Lisans (Türkçe)
Fizik II,2021-2022,Lisans (Türkçe)
Biyoistatiksel Analiz,2021-2022,Yüksek Lisans (Türkçe)
Yayınlar&Eserler
Makale Adı : Building Quantitative Bridges between Dynamics and Sequences of SARS-CoV-2 Main Protease and a Diverse Set of Thirty-Two Proteins
Dergi Adı : American Chemical Society (ACS)
Cilt : 63
ISSN : 1549-9596
Yayın Tarihi : 2023
Makale Adı : Impact of dimerization and N3 binding on molecular dynamics of SARS-CoV and SARS-CoV-2 main proteases
Dergi Adı : Journal of Biomolecular Structure and Dynamics
Cilt : 40
ISSN : 0739-1102
Yayın Tarihi : 2022
Makale Adı : Accurate absolute free energies for ligand-protein binding based on non-equilibrium approaches
Dergi Adı : Communications Chemistry
Cilt : 4
ISSN : 2399-3669
Yayın Tarihi : 2021
Makale Adı : Competing Roles of Ca2+ and Nonmuscle Myosin IIA on the Dynamics of the Metastasis-Associated Protein S100A4
Dergi Adı : The Journal of Physical Chemistry B
Cilt : 125
ISSN : 1520-6106
Yayın Tarihi : 2021
Makale Adı : Propagation of uncertainty in physicochemical data to force field predictions
Dergi Adı : Physical Review Research
Cilt : 2
ISSN : 2643-1564
Yayın Tarihi : 2020
Makale Adı : Only a Subset of Normal Modes is Sufficient to Identify Linear Correlations in Proteins
Dergi Adı : Journal of Chemical Information and Modeling
Cilt :
ISSN : 1549-9596
Yayın Tarihi : 2018
Makale Adı : Statistical efficiency of methods for computing free energy of hydration
Dergi Adı : The Journal of Chemical Physics
Cilt : 149
ISSN : 0021-9606
Yayın Tarihi : 2018
Makale Adı : Binding of Pollutants to Biomolecules A Simulation Study
Dergi Adı : Chemical Research in Toxicology
Cilt : 29
ISSN : 0893-228X
Yayın Tarihi : 2016
Makale Adı : Opening mechanism of adenylate kinase can vary according to selected molecular dynamics force field
Dergi Adı : Journal of Computer-Aided Molecular Design
Cilt : 29
ISSN : 0920-654X
Yayın Tarihi : 2015
Makale Adı : Molecular dynamics study of the effect of active site protonation on Helicobacter pylori 5 methylthioadenosine S adenosylhomocysteine nucleosidase
Dergi Adı : European Biophysics Journal
Cilt : 44
ISSN : 0175-7571
Yayın Tarihi : 2015
Makale Adı : Properties of Organic Liquids when Simulated with Long Range Lennard Jones Interactions
Dergi Adı : Journal of Chemical Theory and Computation
Cilt : 11
ISSN : 1549-9618
Yayın Tarihi : 2015
Makale Adı : Molecular dynamics investigation of Helicobacter pylori chemotactic protein CheY1 and two mutants
Dergi Adı : Journal of Molecular Modeling
Cilt : 20
ISSN : 1610-2940
Yayın Tarihi : 2014
Makale Adı : Ab initio calculation of the structural elastic electronic and linear optical properties of ZrPtSi and TiPtSi ternary compounds
Dergi Adı : Computational Materials Science
Cilt : 62
ISSN : 09270256
Yayın Tarihi : 2012
Makale Adı : First principles study of the structural elastic electronic optical and vibrational properties of intermetallic Pd2Ga
Dergi Adı : Chinese Physics B
Cilt : 21
ISSN : 1674-1056
Yayın Tarihi : 2012
Makale Adı : Ab initio calculations of the elastic electronic optical and vibrational properties of PdGa compound under pressure
Dergi Adı : Chinese Physics B
Cilt : 21
ISSN : 1674-1056
Yayın Tarihi : 2012
Makale Adı : Optical Properties of Aligned Nematic Liquid Crystals in Electric Field
Dergi Adı : Scientific Research Publishing, Inc.
Cilt : 2
ISSN : 2153-1196
Yayın Tarihi : 2011
Makale Adı : Investigation of anisotropic thermal conductivity of uniaxial and biaxial Gay Berne particles with molecular dynamics simulation
Dergi Adı : Molecular Simulation
Cilt : 37
ISSN : 0892-7022
Yayın Tarihi : 2011
Makale Adı : Optical Properties of Nematic LiquidCrystal C21H27NO2S Under AC DC Electric Fields
Dergi Adı : Canadian Journal of Physics
Cilt : 87
ISSN : 0008-4204
Yayın Tarihi : 2009
Makale Adı : Numerical Determination of Thermal Diffusivity Coefficients of Some Nematic Liquid Crystals in Situ
Dergi Adı : International Journal of Thermophysics
Cilt : 30
ISSN : 0195-928X
Yayın Tarihi : 2009
Bildiri Adı : How Does Ligand Binding Affect the Dynamics of SARS-CoV-2 Main Protease?
Bildiri Türü : Tam metin bildiri
Bildiri Sunum Türü :Sözlü Sunum
Yazar Bilgisi : TEKPINAR MUSTAFA, YILDIRIM AHMET
Alan Bilgisi :Fen Bilimleri ve Matematik Temel Alanı>Fizik>Biyofizik
Etkinlik Başlangıç Tarihi : 16.05.2021
Etkinlik Bitiş Tarihi :18.05.2021
Basım Tarihi :24.05.2021
Bildiri Adı : Calcimycin inhibits the conformational dynamics of the metastasis-associated protein S100A4
Bildiri Türü : Özet bildiri
Bildiri Sunum Türü :Sözlü Sunum
Yazar Bilgisi : YILDIRIM AHMET, TEKPINAR MUSTAFA
Alan Bilgisi :Fen Bilimleri ve Matematik Temel Alanı>Fizik>Biyofizik
Etkinlik Başlangıç Tarihi : 16.05.2021
Etkinlik Bitiş Tarihi :18.05.2021
Basım Tarihi :24.05.2021
Bildiri Adı : Comparative Investigation of Normal Modes and Molecular Dynamics of Hepatitis C NS5B Protein
Bildiri Türü : Tam metin bildiri
Bildiri Sunum Türü :Sözlü Sunum
Yazar Bilgisi : YILDIRIM AHMET,TEKPINAR MUSTAFA,Asafi ms
Alan Bilgisi :Fen Bilimleri ve Matematik Temel Alanı->Fizik
Etkinlik Başlangıç Tarihi : 25.02.2016
Etkinlik Bitiş Tarihi :27.02.2016
Basım Tarihi :04.05.2016
Bildiri Adı : Tek Eksenli Gay Berne Parçacıklarının NPT MolekülerDinamik Simülasyonuyla İncelenmesi
Bildiri Türü : Özet bildiri
Bildiri Sunum Türü :
Yazar Bilgisi : YILDIRIM AHMET,YILMAZ SÜLEYMAN
Alan Bilgisi :Fen Bilimleri ve Matematik Temel Alanı->Fizik
Etkinlik Başlangıç Tarihi : 14.09.2010
Etkinlik Bitiş Tarihi :17.09.2010
Basım Tarihi :
Bildiri Adı : Investigation of helicobacter pylori 5 methylthioadenosine s adenosylhomocysteine nucleosidase ethylene glycol and trisbuffer interactions with molecular dynamics simulation
Bildiri Türü : Özet bildiri
Bildiri Sunum Türü :
Yazar Bilgisi : YILDIRIM AHMET,EROĞLU EROL
Alan Bilgisi :Fen Bilimleri ve Matematik Temel Alanı->Fizik
Etkinlik Başlangıç Tarihi : 06.09.2011
Etkinlik Bitiş Tarihi :09.09.2011
Basım Tarihi :
Bildiri Adı : Adenilate Kinaz Proteininin Kapalı Konformasyondan Açık Konformasyona Geçişinin Moleküler Dinamik Yöntemi ile İncelenmesi
Bildiri Türü : Özet bildiri
Bildiri Sunum Türü :
Yazar Bilgisi : YILDIRIM AHMET,Unan Hülya,TEKPINAR MUSTAFA
Alan Bilgisi :Fen Bilimleri ve Matematik Temel Alanı->Fizik
Etkinlik Başlangıç Tarihi : 29.05.2014
Etkinlik Bitiş Tarihi :31.05.2014
Basım Tarihi :
Bildiri Adı : Molecular dynamics of an autoantigen in multiple sclerosis
Bildiri Türü : Özet bildiri
Bildiri Sunum Türü :
Yazar Bilgisi : YILDIRIM AHMET,EROĞLU EROL
Alan Bilgisi :Fen Bilimleri ve Matematik Temel Alanı->Fizik
Etkinlik Başlangıç Tarihi : 02.09.2013
Etkinlik Bitiş Tarihi :05.09.2013
Basım Tarihi :
Bildiri Adı : Molecular dynamics simulation study on conformational behavior of carbonic anhydrase
Bildiri Türü : Özet bildiri
Bildiri Sunum Türü :
Yazar Bilgisi : YILDIRIM AHMET,EROĞLU EROL
Alan Bilgisi :Fen Bilimleri ve Matematik Temel Alanı->Fizik
Etkinlik Başlangıç Tarihi : 02.09.2013
Etkinlik Bitiş Tarihi :05.09.2013
Basım Tarihi :
Bildiri Adı : Ab initio calculation of the structural electronic and opticalproperties of BiTeI compound
Bildiri Türü : Özet bildiri
Bildiri Sunum Türü :
Yazar Bilgisi : KOÇ HÜSNÜ,YILDIRIM AHMET
Alan Bilgisi :Fen Bilimleri ve Matematik Temel Alanı->Fizik
Etkinlik Başlangıç Tarihi : 06.09.2011
Etkinlik Bitiş Tarihi :09.09.2011
Basım Tarihi :
Bildiri Adı : Molecular dynamics simulation study onconformational behavior of the neutralizing HIV antibody 2F5 fab fragment in waterand methanol
Bildiri Türü : Özet bildiri
Bildiri Sunum Türü :
Yazar Bilgisi : EROĞLU EROL,YILDIRIM AHMET,Kıytak Mehmet
Alan Bilgisi :Fen Bilimleri ve Matematik Temel Alanı->Fizik
Etkinlik Başlangıç Tarihi : 06.09.2011
Etkinlik Bitiş Tarihi :09.09.2011
Basım Tarihi :
Bildiri Adı : Molecular Alignment of Ferroelectric Liquid Crystals byPolyimide Thin Film
Bildiri Türü : Özet bildiri
Bildiri Sunum Türü :
Yazar Bilgisi : YILDIRIM AHMET,YILMAZ SÜLEYMAN
Alan Bilgisi :Fen Bilimleri ve Matematik Temel Alanı->Fizik
Etkinlik Başlangıç Tarihi : 16.08.2009
Etkinlik Bitiş Tarihi :21.08.2009
Basım Tarihi :
Bildiri Adı : Nematik sıvı kristallerin sonlu farklar yöntemiyle sıcaklık gradyanı ve ısıl yayınım katsayılarının belirlenmesi
Bildiri Türü : Özet bildiri
Bildiri Sunum Türü :
Yazar Bilgisi : YILDIRIM AHMET,YILMAZ SÜLEYMAN
Alan Bilgisi :Fen Bilimleri ve Matematik Temel Alanı->Fizik
Etkinlik Başlangıç Tarihi : 28.08.2007
Etkinlik Bitiş Tarihi :31.08.2007
Basım Tarihi :
Bildiri Adı : Moleküler Dinamik Simülasyonuyla Gay BerneParçacıklarının Isı İletim Katsayılarının Hesaplanması
Bildiri Türü : Özet bildiri
Bildiri Sunum Türü :
Yazar Bilgisi : YILDIRIM AHMET,YILMAZ SÜLEYMAN
Alan Bilgisi :Fen Bilimleri ve Matematik Temel Alanı->Fizik
Etkinlik Başlangıç Tarihi : 14.09.2010
Etkinlik Bitiş Tarihi :17.09.2010
Basım Tarihi :
Proje&Patent&Tasarım
Kapsam Adı - Proje Sayısı Grafiği
Proje Türü - Proje Sayısı Grafiği
Proje Durumu - Proje Sayısı Grafiği
Proje Yılı - Proje Sayısı Grafiği
Toplam Proje Sayısı (YOKSIS) : 2
Proje Adı: Yüksek Lisans Projesi HR Ü 2005 747
Bitiş Tarihi :
Proje Konusu : Nematik Sıvı Kristallerde Isı Gradyanı ve Isı TransferKatsayılarının Nümerik Yöntemle Belirlenmesi
Proje Konum : Araştırmacı
Proje Türü : ARAŞTIRMA PROJESİ
Güncelleme Tarihi : 2015-10-27 13:52:59
Proje Adı: Doktora Projesi HR Ü 2009 916
Bitiş Tarihi :
Proje Konusu : Yönlendirilmiş Sıvı Kristallerde Isıl Yayınım ve Isı IletimKatsayılarının Hesaplanması
Proje Konum : Araştırmacı
Proje Türü : ARAŞTIRMA PROJESİ
Güncelleme Tarihi : 2015-10-27 13:52:20
Bilimsel Faaliyetler
Temel Alan : Fen Bilimleri ve Matematik Temel Alanı
Anahtar Kelimeler :
Moleküler Biyoloji
Güncelleme Tarihi : 2022-01-10 09:54:32