YÖKSİS Son Veri Güncelleme Tarihi : 18.11.2024 04:43:26
Google Scholar Son Veri Güncelleme Tarihi : 25.10.2024 09:42:10
WOS Son Veri Güncelleme Tarihi : 2.11.2024 15:52:03

Kişisel Bilgiler

PROF. AHMET YILDIRIM




  • E-posta: ahmedoyildirim@siirt.edu.tr
  • Adres: -
  • İş Tel (Dahili): +90 (484) 212 11 11 / -

Eğitim Bilgileri

Mezuniyet

Doktora

2007 - 2011

HARRAN ÜNİVERSİTESİ

FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ/FİZİK (DR)/

Tez Adı: Tek ve çift eksenli sıvı kristallerde ısı iletim katsayısı, enerji ve yoğunluğun moleküler dinamik simülasyon ile hesaplanması

Yüksek Lisans

2005 - 2007

HARRAN ÜNİVERSİTESİ

FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ/FİZİK (YL) (TEZLİ)/

Tez Adı: Nematik sıvı kristallerde sıcaklık gradyanı ve ısıl yayınım katsayılarının nümerik yöntemle belirlenmesi

Lisans

1999 - 2003

BÜLENT ECEVİT ÜNİVERSİTESİ

FEN-EDEBİYAT FAKÜLTESİ/FİZİK BÖLÜMÜ/FİZİK PR./

Tez Adı: ---

Araştırma Alanları

Fen Bilimleri ve Matematik Temel Alanı

Biyoloji

Akademik Idari Deneyim

AKADEMİK ÜNVANLAR
PROFESÖR
2023 -
SİİRT ÜNİVERSİTESİ
FEN-EDEBİYAT FAKÜLTESİ / BİYOLOJİ BÖLÜMÜ

DOÇENT
2021 - 2023
SİİRT ÜNİVERSİTESİ
FEN-EDEBİYAT FAKÜLTESİ / BİYOLOJİ BÖLÜMÜ

ARAŞTIRMA GÖREVLİSİ
2009 - 2011
SİİRT ÜNİVERSİTESİ
FEN-EDEBİYAT FAKÜLTESİ / FİZİK BÖLÜMÜ

DOKTOR ÖĞRETİM ÜYESİ
2011 - 2021
SİİRT ÜNİVERSİTESİ
FEN-EDEBİYAT FAKÜLTESİ / FİZİK BÖLÜMÜ

DOKTOR ÖĞRETİM ÜYESİ
2021 - 2021
SİİRT ÜNİVERSİTESİ
FEN-EDEBİYAT FAKÜLTESİ / BİYOLOJİ BÖLÜMÜ

YÖNETİMSEL GÖREVLER
Anabilim Dalı Başkanı
2011 - 2021
SİİRT ÜNİVERSİTESİ

Anabilim Dalı Başkanı
2021 -
SİİRT ÜNİVERSİTESİ

Tezler

YÖNETİLEN TEZLER
SARS-CoV-2 ana proteaz-nirmatrelvir ve molnupiravir kompleks yapılarının moleküler dinamik simülasyonları
Siirt Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Fizik Ana Bilim Dalı
İZZET GÖGER(Öğrenci),Yüksek Lisans,2023

Investigation of the effect of curcumin on helicobacter pylori 5'-methylthioadenosine/s-adenosylhomocysteine nucleosidase with molecular dynamics method
Siirt Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Fizik Ana Bilim Dalı
MAHDI IBRAHIM SAEED SAEED(Öğrenci),Yüksek Lisans,2018

Dersler

VERİLEN DERSLER

Moleküler Modelleme ve Simülasyon Teknikleri,2022-2023,Yüksek Lisans (Türkçe)

Fizik I,2022-2023,Lisans (Türkçe)

Bilimsel Araştırma Teknikleri ve Yayın Etiği,2022-2023,Yüksek Lisans (Türkçe)

Fizik II,2022-2023,Lisans (Türkçe)

İleri Kuantum Mekaniği I,2022-2023,Yüksek Lisans (Türkçe)

Hesaplamalı Biyofizik,2022-2023,Yüksek Lisans (Türkçe)

Biyoistatistiğin Temelleri,2022-2023,Yüksek Lisans (Türkçe)

Moleküler Biyoloji,2022-2023,Yüksek Lisans (Türkçe)

Biyoistatistik,2022-2023,Lisans (Türkçe)

Hesaplamalı Biyofizik,2021-2022,Yüksek Lisans (Türkçe)

Bilimsel Araştırma Teknikleri ve Yayın Etiği,2021-2022,Yüksek Lisans (Türkçe)

Moleküler Biyoloji,2021-2022,Yüksek Lisans (Türkçe)

Fizik I,2021-2022,Lisans (Türkçe)

İleri Kuantum Mekaniği I,2021-2022,Yüksek Lisans (Türkçe)

Fizik II,2021-2022,Lisans (Türkçe)

Biyoistatiksel Analiz,2021-2022,Yüksek Lisans (Türkçe)

Yayınlar&Eserler

İndeks Türü - Makale Sayısı Grafiği

Yıl - Makale Sayısı Grafiği

Toplam Makale Sayısı (YOKSIS) : 19

Makale Adı : Building Quantitative Bridges between Dynamics and Sequences of SARS-CoV-2 Main Protease and a Diverse Set of Thirty-Two Proteins

Yazar Bilgisi : YILDIRIM AHMET, TEKPINAR MUSTAFA
Dergi Adı : American Chemical Society (ACS)
Cilt : 63
ISSN : 1549-9596
Yayın Tarihi : 2023

Makale Adı : Impact of dimerization and N3 binding on molecular dynamics of SARS-CoV and SARS-CoV-2 main proteases

Yazar Bilgisi : TEKPINAR MUSTAFA, YILDIRIM AHMET
Dergi Adı : Journal of Biomolecular Structure and Dynamics
Cilt : 40
ISSN : 0739-1102
Yayın Tarihi : 2022

Makale Adı : Accurate absolute free energies for ligand-protein binding based on non-equilibrium approaches

Yazar Bilgisi : Gapsys Vytautas, YILDIRIM AHMET, Aldeghi Matteo, Khalak Yuriy, van der Spoel David, L. de Groot Bert
Dergi Adı : Communications Chemistry
Cilt : 4
ISSN : 2399-3669
Yayın Tarihi : 2021

Makale Adı : Competing Roles of Ca2+ and Nonmuscle Myosin IIA on the Dynamics of the Metastasis-Associated Protein S100A4

Yazar Bilgisi : YILDIRIM AHMET, TEKPINAR MUSTAFA, Wassenaar Tsjerk A.
Dergi Adı : The Journal of Physical Chemistry B
Cilt : 125
ISSN : 1520-6106
Yayın Tarihi : 2021

Makale Adı : Propagation of uncertainty in physicochemical data to force field predictions

Yazar Bilgisi : YILDIRIM AHMET, Ghahremanpour Mohammad Mehdi, Spoel David van der
Dergi Adı : Physical Review Research
Cilt : 2
ISSN : 2643-1564
Yayın Tarihi : 2020

Makale Adı : Only a Subset of Normal Modes is Sufficient to Identify Linear Correlations in Proteins

Yazar Bilgisi : TEKPINAR MUSTAFA,YILDIRIM AHMET
Dergi Adı : Journal of Chemical Information and Modeling
Cilt :
ISSN : 1549-9596
Yayın Tarihi : 2018

Makale Adı : Statistical efficiency of methods for computing free energy of hydration

Yazar Bilgisi : YILDIRIM AHMET,Wassenaar Tsjerk A,van der Spoel
Dergi Adı : The Journal of Chemical Physics
Cilt : 149
ISSN : 0021-9606
Yayın Tarihi : 2018

Makale Adı : Binding of Pollutants to Biomolecules A Simulation Study

Yazar Bilgisi : YILDIRIM AHMET,Zhang Jin,Manzetti Sergio,Spoel David van der
Dergi Adı : Chemical Research in Toxicology
Cilt : 29
ISSN : 0893-228X
Yayın Tarihi : 2016

Makale Adı : Opening mechanism of adenylate kinase can vary according to selected molecular dynamics force field

Yazar Bilgisi : Unan Hülya,YILDIRIM AHMET,TEKPINAR MUSTAFA
Dergi Adı : Journal of Computer-Aided Molecular Design
Cilt : 29
ISSN : 0920-654X
Yayın Tarihi : 2015

Makale Adı : Molecular dynamics study of the effect of active site protonation on Helicobacter pylori 5 methylthioadenosine S adenosylhomocysteine nucleosidase

Yazar Bilgisi : TEKPINAR MUSTAFA,YILDIRIM AHMET,WASSENAAR TA
Dergi Adı : European Biophysics Journal
Cilt : 44
ISSN : 0175-7571
Yayın Tarihi : 2015

Makale Adı : Properties of Organic Liquids when Simulated with Long Range Lennard Jones Interactions

Yazar Bilgisi : M Fischer Nina,J van Maaren Paul,C Ditz Jonas,YILDIRIM AHMET,van der Spoel David
Dergi Adı : Journal of Chemical Theory and Computation
Cilt : 11
ISSN : 1549-9618
Yayın Tarihi : 2015

Makale Adı : Molecular dynamics investigation of Helicobacter pylori chemotactic protein CheY1 and two mutants

Yazar Bilgisi : YILDIRIM AHMET,TEKPINAR MUSTAFA,A Wassenaar Tsjerk
Dergi Adı : Journal of Molecular Modeling
Cilt : 20
ISSN : 1610-2940
Yayın Tarihi : 2014

Makale Adı : Ab initio calculation of the structural elastic electronic and linear optical properties of ZrPtSi and TiPtSi ternary compounds

Yazar Bilgisi : Koc H., Yildirim A., Tetik E., Deligoz E.
Dergi Adı : Computational Materials Science
Cilt : 62
ISSN : 09270256
Yayın Tarihi : 2012

Makale Adı : First principles study of the structural elastic electronic optical and vibrational properties of intermetallic Pd2Ga

Yazar Bilgisi : YILDIRIM AHMET,KOÇ HÜSNÜ,DELİGÖZ ENGİN
Dergi Adı : Chinese Physics B
Cilt : 21
ISSN : 1674-1056
Yayın Tarihi : 2012

Makale Adı : Ab initio calculations of the elastic electronic optical and vibrational properties of PdGa compound under pressure

Yazar Bilgisi : Koc H., Yildirim A., Deligoz E.
Dergi Adı : Chinese Physics B
Cilt : 21
ISSN : 1674-1056
Yayın Tarihi : 2012

Makale Adı : Optical Properties of Aligned Nematic Liquid Crystals in Electric Field

Yazar Bilgisi : YILMAZ SÜLEYMAN,Halide Melik,Anğay Fırat,EMEK MEHRİBAN,YILDIRIM AHMET
Dergi Adı : Scientific Research Publishing, Inc.
Cilt : 2
ISSN : 2153-1196
Yayın Tarihi : 2011

Makale Adı : Investigation of anisotropic thermal conductivity of uniaxial and biaxial Gay Berne particles with molecular dynamics simulation

Yazar Bilgisi : Yildirim Ahmet, Eroglu Erol, Yilmaz Suleyman
Dergi Adı : Molecular Simulation
Cilt : 37
ISSN : 0892-7022
Yayın Tarihi : 2011

Makale Adı : Optical Properties of Nematic LiquidCrystal C21H27NO2S Under AC DC Electric Fields

Yazar Bilgisi : Emek Mehriban, Besli Nurettin, Yildirim Ahmet, Yilmaz Suleyman
Dergi Adı : Canadian Journal of Physics
Cilt : 87
ISSN : 0008-4204
Yayın Tarihi : 2009

Makale Adı : Numerical Determination of Thermal Diffusivity Coefficients of Some Nematic Liquid Crystals in Situ

Yazar Bilgisi : Yilmaz Suleyman, Yildirim Ahmet
Dergi Adı : International Journal of Thermophysics
Cilt : 30
ISSN : 0195-928X
Yayın Tarihi : 2009
Sistemde kayıtlı makale kaydı bulunamadı!
Sistemde kayıtlı makale kaydı bulunamadı!

Ulusal - Uluslararası Grafiği

Yıl - Bildiri Sayısı Grafiği

Toplam Bildiri Sayısı : 13

Bildiri Adı : How Does Ligand Binding Affect the Dynamics of SARS-CoV-2 Main Protease?

Etkinlik Adı : ISPEC 10th International Conference On Engineering & Natural Sciences
Bildiri Türü : Tam metin bildiri
Bildiri Sunum Türü :Sözlü Sunum
Yazar Bilgisi : TEKPINAR MUSTAFA, YILDIRIM AHMET
Alan Bilgisi :Fen Bilimleri ve Matematik Temel Alanı>Fizik>Biyofizik
Etkinlik Başlangıç Tarihi : 16.05.2021
Etkinlik Bitiş Tarihi :18.05.2021
Basım Tarihi :24.05.2021

Bildiri Adı : Calcimycin inhibits the conformational dynamics of the metastasis-associated protein S100A4

Etkinlik Adı : ISPEC 10th International Conference On Engineering & Natural Sciences
Bildiri Türü : Özet bildiri
Bildiri Sunum Türü :Sözlü Sunum
Yazar Bilgisi : YILDIRIM AHMET, TEKPINAR MUSTAFA
Alan Bilgisi :Fen Bilimleri ve Matematik Temel Alanı>Fizik>Biyofizik
Etkinlik Başlangıç Tarihi : 16.05.2021
Etkinlik Bitiş Tarihi :18.05.2021
Basım Tarihi :24.05.2021

Bildiri Adı : Comparative Investigation of Normal Modes and Molecular Dynamics of Hepatitis C NS5B Protein

Etkinlik Adı : International Physics Conference at the Anatolian Peak
Bildiri Türü : Tam metin bildiri
Bildiri Sunum Türü :Sözlü Sunum
Yazar Bilgisi : YILDIRIM AHMET,TEKPINAR MUSTAFA,Asafi ms
Alan Bilgisi :Fen Bilimleri ve Matematik Temel Alanı->Fizik
Etkinlik Başlangıç Tarihi : 25.02.2016
Etkinlik Bitiş Tarihi :27.02.2016
Basım Tarihi :04.05.2016

Bildiri Adı : Tek Eksenli Gay Berne Parçacıklarının NPT MolekülerDinamik Simülasyonuyla İncelenmesi

Etkinlik Adı : Turkish Physical Society 27th PhysicsConference
Bildiri Türü : Özet bildiri
Bildiri Sunum Türü :
Yazar Bilgisi : YILDIRIM AHMET,YILMAZ SÜLEYMAN
Alan Bilgisi :Fen Bilimleri ve Matematik Temel Alanı->Fizik
Etkinlik Başlangıç Tarihi : 14.09.2010
Etkinlik Bitiş Tarihi :17.09.2010
Basım Tarihi :

Bildiri Adı : Investigation of helicobacter pylori 5 methylthioadenosine s adenosylhomocysteine nucleosidase ethylene glycol and trisbuffer interactions with molecular dynamics simulation

Etkinlik Adı : Turkish Physical Society 28th Physics Conference
Bildiri Türü : Özet bildiri
Bildiri Sunum Türü :
Yazar Bilgisi : YILDIRIM AHMET,EROĞLU EROL
Alan Bilgisi :Fen Bilimleri ve Matematik Temel Alanı->Fizik
Etkinlik Başlangıç Tarihi : 06.09.2011
Etkinlik Bitiş Tarihi :09.09.2011
Basım Tarihi :

Bildiri Adı : Adenilate Kinaz Proteininin Kapalı Konformasyondan Açık Konformasyona Geçişinin Moleküler Dinamik Yöntemi ile İncelenmesi

Etkinlik Adı : I.Ulusal Hesaplamalı Kimya Çalıştayı
Bildiri Türü : Özet bildiri
Bildiri Sunum Türü :
Yazar Bilgisi : YILDIRIM AHMET,Unan Hülya,TEKPINAR MUSTAFA
Alan Bilgisi :Fen Bilimleri ve Matematik Temel Alanı->Fizik
Etkinlik Başlangıç Tarihi : 29.05.2014
Etkinlik Bitiş Tarihi :31.05.2014
Basım Tarihi :

Bildiri Adı : Molecular dynamics of an autoantigen in multiple sclerosis

Etkinlik Adı : Turkish Physical Society 30th Physics Conference
Bildiri Türü : Özet bildiri
Bildiri Sunum Türü :
Yazar Bilgisi : YILDIRIM AHMET,EROĞLU EROL
Alan Bilgisi :Fen Bilimleri ve Matematik Temel Alanı->Fizik
Etkinlik Başlangıç Tarihi : 02.09.2013
Etkinlik Bitiş Tarihi :05.09.2013
Basım Tarihi :

Bildiri Adı : Molecular dynamics simulation study on conformational behavior of carbonic anhydrase

Etkinlik Adı : Turkish Physical Society 30th Physics Conference
Bildiri Türü : Özet bildiri
Bildiri Sunum Türü :
Yazar Bilgisi : YILDIRIM AHMET,EROĞLU EROL
Alan Bilgisi :Fen Bilimleri ve Matematik Temel Alanı->Fizik
Etkinlik Başlangıç Tarihi : 02.09.2013
Etkinlik Bitiş Tarihi :05.09.2013
Basım Tarihi :

Bildiri Adı : Ab initio calculation of the structural electronic and opticalproperties of BiTeI compound

Etkinlik Adı : Turkish Physical Society 28th Physics Conference
Bildiri Türü : Özet bildiri
Bildiri Sunum Türü :
Yazar Bilgisi : KOÇ HÜSNÜ,YILDIRIM AHMET
Alan Bilgisi :Fen Bilimleri ve Matematik Temel Alanı->Fizik
Etkinlik Başlangıç Tarihi : 06.09.2011
Etkinlik Bitiş Tarihi :09.09.2011
Basım Tarihi :

Bildiri Adı : Molecular dynamics simulation study onconformational behavior of the neutralizing HIV antibody 2F5 fab fragment in waterand methanol

Etkinlik Adı : Turkish Physical Society 28th Physics Conference
Bildiri Türü : Özet bildiri
Bildiri Sunum Türü :
Yazar Bilgisi : EROĞLU EROL,YILDIRIM AHMET,Kıytak Mehmet
Alan Bilgisi :Fen Bilimleri ve Matematik Temel Alanı->Fizik
Etkinlik Başlangıç Tarihi : 06.09.2011
Etkinlik Bitiş Tarihi :09.09.2011
Basım Tarihi :

Bildiri Adı : Molecular Alignment of Ferroelectric Liquid Crystals byPolyimide Thin Film

Etkinlik Adı : 25th European Crystallographic Meeting
Bildiri Türü : Özet bildiri
Bildiri Sunum Türü :
Yazar Bilgisi : YILDIRIM AHMET,YILMAZ SÜLEYMAN
Alan Bilgisi :Fen Bilimleri ve Matematik Temel Alanı->Fizik
Etkinlik Başlangıç Tarihi : 16.08.2009
Etkinlik Bitiş Tarihi :21.08.2009
Basım Tarihi :

Bildiri Adı : Nematik sıvı kristallerin sonlu farklar yöntemiyle sıcaklık gradyanı ve ısıl yayınım katsayılarının belirlenmesi

Etkinlik Adı : Turkish Physical Society 24th Physics Conference
Bildiri Türü : Özet bildiri
Bildiri Sunum Türü :
Yazar Bilgisi : YILDIRIM AHMET,YILMAZ SÜLEYMAN
Alan Bilgisi :Fen Bilimleri ve Matematik Temel Alanı->Fizik
Etkinlik Başlangıç Tarihi : 28.08.2007
Etkinlik Bitiş Tarihi :31.08.2007
Basım Tarihi :

Bildiri Adı : Moleküler Dinamik Simülasyonuyla Gay BerneParçacıklarının Isı İletim Katsayılarının Hesaplanması

Etkinlik Adı : Turkish Physical Society 27th PhysicsConference
Bildiri Türü : Özet bildiri
Bildiri Sunum Türü :
Yazar Bilgisi : YILDIRIM AHMET,YILMAZ SÜLEYMAN
Alan Bilgisi :Fen Bilimleri ve Matematik Temel Alanı->Fizik
Etkinlik Başlangıç Tarihi : 14.09.2010
Etkinlik Bitiş Tarihi :17.09.2010
Basım Tarihi :
Sistemde kayıtlı kitap kaydı bulunamadı!

Proje&Patent&Tasarım

Kapsam Adı - Proje Sayısı Grafiği

Proje Türü - Proje Sayısı Grafiği

Proje Durumu - Proje Sayısı Grafiği

Proje Yılı - Proje Sayısı Grafiği

Toplam Proje Sayısı (YOKSIS) : 2

Proje Adı: Yüksek Lisans Projesi HR Ü 2005 747

Başlama Tarihi :
Bitiş Tarihi :
Proje Konusu : Nematik Sıvı Kristallerde Isı Gradyanı ve Isı TransferKatsayılarının Nümerik Yöntemle Belirlenmesi
Proje Konum : Araştırmacı
Proje Türü : ARAŞTIRMA PROJESİ
Güncelleme Tarihi : 2015-10-27 13:52:59

Proje Adı: Doktora Projesi HR Ü 2009 916

Başlama Tarihi :
Bitiş Tarihi :
Proje Konusu : Yönlendirilmiş Sıvı Kristallerde Isıl Yayınım ve Isı IletimKatsayılarının Hesaplanması
Proje Konum : Araştırmacı
Proje Türü : ARAŞTIRMA PROJESİ
Güncelleme Tarihi : 2015-10-27 13:52:20
Sistemde kayıtlı patent kaydı bulunamadı!
Sistemde kayıtlı tasarım kaydı bulunamadı!
Sistemde kayıtlı sanat kaydı bulunamadı!

Bilimsel Faaliyetler

Sistemde kayıtlı üyelik bilgisi bulunamadı!
Sistemde kayıtlı editörlük bilgisi bulunamadı!

Temel Alan : Fen Bilimleri ve Matematik Temel Alanı

Bilim Alanı : Biyoloji

Anahtar Kelimeler :
Moleküler Biyoloji



Güncelleme Tarihi : 2022-01-10 09:54:32

Başarılar & Tanınırlık

TÜBİTAK 2219 Yurt Dışı Doktora Sonrası Araştırma Bursu

2013

TÜRKİYE

Duyurular & Dokümanlar

Sistemde kayıtlı duyuru kaydı bulunamadı!
Sistemde kayıtlı döküman kaydı bulunamadı!